นี่คือโลกที่ "แผนบริบูรณ์มนุษยชาติ" ถูกหยุดยั้งโดยอิคาริ ชินจิ... องค์กรพิเศษเนิร์ฟในอดีตถูกจัดตั้งใหม่ในนาม "เนิร์ฟ JPN" ภายใต้การนำของผู้บัญชาการสูงสุด คัตสึรากิ มิซาโตะ เหล่าชิลเดรนในวัย 17 กำลังเตรียมรับมือการกลับมาอีกครั้งของเหล่าสาวก ทว่าอายานามิ เรย์ หนึ่งในสี่ผู้ดูแลเครือข่ายค้นหาและทำลายล้างสาวกทั่วโลก เรย์ No.กาตเทรอะ กลับคลุ้มคลั่งอย่างกะทันหัน ชินจิที่พยายามจะเข้าไปหยุดยั้งอาการคลุ้มคลั่งนั้น กลับถูกยิงทะลวงพร้อมกับเครื่องหมายเลขหนึ่ง...อีกหนึ่งตำนานที่คุณไม่เคยรู้จากเอวานเกเลี่ยน ซึ่งต่อยอดมาจากอนิเมะตอนที่ 24 ความจริงที่ถูกเก็บงำไว้นับสิบปี กำลังจะถูกเปิดเผย!