เปิดศึกกับคู่ปรับแห่งชะตาอีกครั้ง! นี่คือบันทึกการผจญภัยในเกมที่เสียงคำรามดังกระหึ่ม!! หลังจากรู้ผลแพ้ชนะกับรุสท์ใน "เนฟิลิมฮอลโลว์" ซันราคุที่ต้องการข้อมูลของยูนีคมอนสเตอร์อย่าง "คธานิดแห่งห้วงเหว" ก็หวนคืนสู่ แช็งฟรอน!

ชายย์และสปิริตส์ติดตามพวกอมาราลิคไปจนถึรัสเซีย บ้านเกิดของสปิริตส์ และคนที่กำลังเฝ้ารอฮีโร่ทั้งสองอยู่ ณ ที่แห่งนั้นก็คือ…!?

ชายคนหนึ่งเสียชีวิตด้วยเหตุการณ์ประหลาด โดยมีรูโหว่บนร่างและลอยค้างกลางอากาศในย่านชินจูกุ แปดปีต่อมา "อาราคาวะ โยโดมิ" ลูกชายของผู้เคราะห์ร้ายคนนั้น เจอกล่องพัสดุที่ส่งถึงพ่อในวันธรรมดาวันหนึ่งที่เขาทำกิจวัตรตามปกติ เมื่อโยโดมิเปิดกล่องก็วูบหมดสติ ไปก่อนจะลืมตาขึ้นมาพบหัวกะโหลกพูดได้พร้อมกับรับรู้ว่า ตนได้รับพลังที่สามารถเปลี่ยนเป็น "สเกเลตัน (มนุษย์ล่องหน)" แบบไม่มีสาเหตุ "ฉันทำให้พ่อของนายตาย"...คำพูดของหัวกะโหลกที่แนะนำตัวเองว่าชื่อยามาโมโตะนั้น ทำให้เวลาที่หยุดชะงักไปของเด็กหนุ่มเดินต่ออีกครั้ง