"โคคุโบะ"...เพิ่งเคยเจอเด็ก ม.4 บ้า ๆ แบบแกครั้งแรกเลยว่ะ ไม่อยากยุ่งด้วยแล้ว การต่อสู้ชิงดีชิงเด่นกับ "จูโอนิ" กลุ่มยักษ์ดำ "โคะอิเคะ เดธแมตซ์" ที่ไม่มีทางหนีที่เริ่มขึ้นในโกดังร้างที่ไฟไหม้! ในขณะที่พวกยักษ์ดำประชิดเข้ามาด้วยความตั้งใจจะฆ่าโคคุโบะ โกดังก็เริ่มถล่ม และกลายเป็นช่วงเสี้ยวนาทีชีวิต! ทว่าตอนนี้ที่โคคุโบะได้เศษโลหะที่เป็นเครื่องป้องกันตัวมาครอบครอง สถานการณ์ทั้งหมดก็เปลี่ยนจากหน้ามือเป็นหลังมือ...!!

เมื่ออกลไกแห่งความปรารถนาที่จะทำให้ความต้องการทั้งปวงเป็นจริงปรากฏขึ้น เหล่าจอมเวททั้งหลายจึงอัญเชิญเซอร์วอนท์และเข้าร่วมการต่อสู้แย่งชิง นั่นคือ "สงครามจอกศักดิ์สิทธิ์" หลายปีผ่านไปหลังจากสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ครั้งที่ห้าในญี่ปุ่นจบลง การต่อสู้ครั้งใหม่กลับอุบัติขึ้น ณ ดินแดนสโนว์ฟิลด์ที่อยู่ทางตะวันตกของอเมริกา นั่นคือสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ที่เต็มไปด้วยสิ่งจอมปลอมเหล่าจอมเวทและวิญญาณวีรชนซึ่งมารวมตัวกัน ณ แท่นบูชาปลอมแม้รู้ว่านี่คือสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ปลอม...แต่พวกเขาก็ยังเต้นไปบนแท่นบูชานั้น ความจริงหรือคววามเท็จ ล้วนห่างไกลออกไปราวกับอยู่อีกภพหนึ่ง พวกเขาไม่ได้ทำเพื่อจอกศักดิ์สิทธิ์...แต่ทำเพื่อความเชื่อของตนเอง ในเวลานั้น สิ่งที่อัดแน่นอยู่ในภาชนะคือ สิ่งจอมปลอม ข้อเท็จจริง หรือว่า...นี่คือโปรเจคใหม่ของ "Fate" ที่เกิดจากการร่วมมือกัน ระหว่างนาริตะ เรียวโกะและนาสุ คิโนโกะ โดยมีโมริอิ ชิชุคิร่วมทำให้ฉบับการ์ตูนเสร็จสมบูรณ์!!

"เอ็ดเวิร์ด" และ "อัลฟอนส์" สองพี่น้อง ทดลองใช้วิชาเล่นแร่แปรธาตุ คืนชีพให้กับแม่ที่ตายไปเมื่อตอนที่พวกเขายังเด็ก แต่เอ็ดเวิร์ดได้ทำพลาดจนต้องสูญเสียขาซ้ายกับอัลฟอนส์น้องชายไป เขาใช้แขนขวาของตัวเองเป็นสิ่งชดเชยในการหลอมวิญญาณของอัลฟอนส์ขึ้นมา และบรรจุเอาไว้ในชุดเกราะ ทว่าสิ่งชดเชยนั้นช่างใหญ่หลวงนัก สองพี่น้องจึงปฏิญาณว่าจะเอาทุกสิ่งทุกอย่างกลับคืนมาให้ได้!